ubuntu 14.04 下成功安装gaussian 03(g03)和gaussian 09(g09)和gview及常见错误解决

以下方法对g03和g09均可行。

一、解压

首先对文件进行解压缩,我的文件名是G09.B01.LINUX_E64-930X.tgz,文件在桌面,你应填上你对应的文件目录和文件名,可用tab键补全。

tar -xvf Desktop/G09.B01.LINUX_E64-930X.tgz

注意:

1、应注意文件是否解压完全,我第一次安装的时候,exe后缀的文件不知什么原因都没有解压出来,所以安装一直失败,重新解压一次又好了;

2、尽量不要使用sudo,倘若你的Home目录权限有问题,使用加sudo解压后再将权限恢复正常,或者通过创建一个用户组。

改变文件夹权限

chmod -R u=755 g09

创建组及用户,改变文件及文件夹的组及用户

sudo groupadd g09users 创建组
sudo useradd g09 -g gaussuser 创建组用户
chgrp -R g09users  g09
chown -R g09users:gaussuser g09

将用户添加进组

usermod -G g09users gaussuser

二、安装

其实,安装的过程就是设置变量的过程。
进入主目录,Ctrl+H显示隐藏文件,打开.bashrc文件,在文件末尾加上以下内容(安装g03请把g09全部替换成g03就行了),注意你的g09的目录和你的用户名,按照以下的格式修改就行。(注意:经过我多次安装,发现修改主目录的/home/yourusername/.bashrc,用su获得超级用户的权限后,每次仍需要使用source /home/yourusername/.bashrc才能够成功设置环境变量,我发现直接修改/root/.bashrc便不用每次都需要再重新设置环境变量

#gaussian09
export g09root=/home/yourusername
GAUSS_EXEDIR=$g09root/g09/
export GAUSS_SCRDIR=/home/yourusername/g09/scratch
LD_LIBRARY_PATH=$g09root/g09/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$g09root/g09/:$PATH
export g09root GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile

最后,在g09的目录里创建scratch目录

三、运行

gauss-procedure-full-edited

(最后的Error是由于我Ctrl+C终止程序)

运行时的命令用sudo提示permission denied,所以应当用su获取超级权限。

取得超级用户权限,先给超级用户设置密码,终端输入以下命令,然后输入密码。

sudo passwd root

然后,输入以下命令,输入刚设置的密码

su -

这样进入的是root的根目录/root,需切换到用户目录/home/yourusername,亦即我们的g09目录存放的目录。

cd /home/username

输入以下命令,第一条是避免Segmentation fault(段错误)该命令只能在su下执行,在sudo下会提示权限不足(Permission denied),该命令也可添加进/etc/rc.loacal,开机自动执行,第二条是运行命令,”./g09/g09″是我的g09目录下的g09文件的地址,其中tasks是我的任务文件gif存放目录,可在命令末尾加上&表示后台执行。

echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space
./g09/g09 tasks/xxx.gif &

rc.local-gauss

四、安装gview

在.bashrc末尾加上以下内容
export GV_DIR=/home/yourusername/gv/
export LIBPATH=/home/yourusername/gv/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/yourusername/gv/lib
PATH=$PATH:/home/yourusername/gv/

五、常见错误

1、forrtl: No such file or directory
没有创建scratch目录,或者目录路径设置不对,这是Gauss的输出目录。

2、Warning: omp_set_num_threads (4) greater than available cpus (2)
这是gif文件设置不对,cpu的核数为2却设成了4,只要打开改回电脑应有的cpu的个数就行了

3、Segmentation fault
Erroneous write during file extend. write -1 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: Bad address
Segmentation fault
解决办法:
sudo echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space
最好写进/etc/rc.local文件(ubuntu系统,其他系统写进相应文件),令其开机自动加载该命令,省时省力。

4、ntrex1: Bad file descriptor
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 00007ffffffdecb0, rcx ffffffffffffffff
rdx 00000000000029b8, rsp 00007ffffffdebc8, rbp 00007ffffffdecc0
rsi 000000000000000b, rdi 00000000000029b8, r8  00002aaaaaaf2300
r9  0000000000000000, r10 00007ffffffde990, r11 0000000000000202
r12 00000000ffffffff, r13 000000000061c830, r14 0000000000000001
r15 0000000000010000
— traceback not available
Aborted (core dumped)
gif文件%chk设置错误,因为Linux下没有Windows下的分区和目录结构,例如,%chk=D:\he-test-c.chk,把分区号去除就可以了,例如%chk=he-test-c.chk。
5、运行g09后出错,查看log文件,信息如下:
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=1.com
Output=1.log
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
原因是g09文件夹权限太高,如果整个改成777就有可能出这个问题。解决办法是除了scratch目录以外,均用755或者750等。(所以之前建议用更改用户组的办法来实现权限)。

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